JAX-RPC 是sun基于web services标准的早期实现。JAX-RPC1.1
JAX-WS 是sun基于web services标准的最新实现。JAX-WS是JAX-RPC1.1的后续版本。
JAX-WS在binding层使用的是the Java Architecture for XML Binding (JAXB, JSR 222)，在parsing层，使用的是the Streaming API for XML (StAX, JSR 173)，同时它还完全支持schema规范。
相同点？
在列出 JAX-RPC 1.1 和 JAX-WS 2.0 的差异前，我们应该首先讨论一下二者的相同之处：
JAX-WS 仍然支持 SOAP 1.1 over HTTP 1.1，因此互操作性将不会受到影响，仍然可以在网上传递相同的消息。
JAX-WS 仍然支持 WSDL 1.1，因此您所学到的有关该规范的知识仍然有用。WSDL 2.0 规范已经接近完成，但在 JAX-WS 2.0 相关工作结束时其工作仍在进行中。
区别何在？
SOAP 1.2
JAX-RPC 和 JAX-WS 都支持 SOAP 1.1。JAX-WS 还支持 SOAP 1.2。
XML/HTTP
WSDL 1.1 规范在 HTTP 绑定中定义，这意味着利用此规范可以在不使用 SOAP 的情况下通过 HTTP 发送 XML 消息。JAX-RPC 忽略了 HTTP 绑定。而 JAX-WS 添加了对其的支持。
WS-I Basic Profile
JAX-RPC 支持 WS-I Basic Profile (BP) V1.0。JAX-WS 支持 BP 1.1。（WS-I 即 Web 服务互操作性组织。）
新 Java 功能
JAX-RPC 映射到 Java 1.4。JAX-WS 映射到 Java 5.0。JAX-WS 依赖于 Java 5.0 中的很多新功能。
Java EE 5 是 J2EE 1.4 的后续版本，添加了对 JAX-WS 的支持，但仍然支持 JAX-RPC，这可能会对 Web 服务新手造成混淆。
数据映射模型
JAX-RPC 具有自己的映射模型，此模型大约涵盖了所有模式类型中的 90%。它没有涵盖的部分映射到了 javax.xml.soap.SOAPElement。
JAX-WS 的数据映射模型是 JAXB。JAXB 可保证所有 XML 模式的映射。
接口映射模型
JAX-WS 的基本接口映射模型与 JAX-RPC 的区别并不大，不过二者之间存在以下差异：
JAX-WS 的模型使用新的 Java 5.0 功能。
JAX-WS 的模型引入了异步功能。
动态编程模型
JAX-WS 的动态客户机模型与 JAX-RPC 的对应模型差别很大。很多更改都是为了认可行业需求：
引入了面向消息的功能。
引入了动态异步功能。
JAX-WS 还添加了动态服务器模型，而 JAX-RPC 则没有此模型。
消息传输优化机制（Message Transmission Optimization Mechanism，MTOM】
JAX-WS 通过 JAXB 添加了对新附件规范 MTOM 的支持。Microsoft 从来没有给 SOAP 添加附件规范；但似乎大家都支持 MTOM，因此应该能够实现附件互操作性。
处理程序模型
从 JAX-RPC 到 JAX-WS 的过程中，处理程序模型发生了很大的变化。
JAX-RPC 处理程序依赖于 SAAJ 1.2。JAX-WS 处理程序依赖于新的 SAAJ 1.3 规范。
Content-Type
SOAP 1.1 HTTP/SOAP 消息的媒体类型为“text/xml”，其编码处理是在 RFC2376 中定义的。
SOAP 1.1: HTTP/SOAP 请求的字符集由 HTTP 头中的 ContentType 字符集参数确定。在 SOAP 消息的 XML 声明部分定义的编码特性将被忽略。如果不指定 ContentType 字符集参数，字符集将被视为 US-ASCII。
SOAP 1.2 HTTP/SOAP 消息的媒体类型为“application/soap+xml”，其编码处理是在 RFC3023 中定义的。
SOAP 1.2: HTTP/SOAP 请求的字符集由 HTTP 头中的 ContentType 字符集参数确定。在 SOAP 消息的 XML 声明部分定义的编码特性将被忽略。如果未指定 ContentType 的字符集参数，将使用在 XML 声明部分定义的编码特性。如果 ContentType 字符集参数或 XML 声明的编码特性均未定义，它将被视为 UTF-8。
PS：以上部分内容参考http://www.ibm.com/developerworks/cn/webservices/ws-tip-jaxwsrpc.html
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